A természetvédelmi szempontból jelentős területek nemzetközi szintű védelmét szolgálják a Tájvédelmi Körzet területeivel átfedést mutató Natura 2000 területek, melyekből hazánk Európai Unióhoz történő csatlakozásával (2004) ötöt jelöltek ki a Tápió-vidéken. A Natura 2000 rendszer tulajdonképpen az Európai Unió ökológiai hálózata, melyet a közösségi jelentőségű természetes élőhelytípusok, valamint meghatározott vadon élő állat- és növényfajok, ún. jelölő fajok jelenléte alapján jelölnek ki a tagországokban.
A Tápió-vidéken 5 különleges természetmegőrzési területet (SAC) jelöltek ki a nemzeti park igazgatóság javaslatai alapján a meglévő védett területek kibővítésével. A Natura 2000 területek együttes kiterjedése 11 700 hektár, ami a Tápió Natúrpark területének 13 %-a. A hálózat folytonosságának fenntartása érdekében a közösségi jelentőségű élőhelyeken kívül több helyen természetvédelmi szempontból kevésbé értékes területeket (pl. akácültetvények, szántók) is kijelöltek, amelyek az élőhelyek integritásának fenntartása mellett nagyon fontos védelmi, puffer szerepet is betöltenek.
A Natura 2000 hálózatnak köszönhetően több, a korábbi védetté nyilvánításokból kimaradt értékes terület is oltalmat nyert. Ezek között számos nagy kiterjedésű, jelentős természeti értékkel rendelkező élőhely is van (pl. tóalmási Boldogkáta-puszta, kókai Dánysári-rét, tápiószecsői Égeres-legelő), amelyek a Tápió-vidék természetvédelmében kulcsfontosságú szerepet töltenek be.
A Tápió-vidék Natura 2000-es területei:
Alsó-Tápió és patakvölgyek
Felső-Tápió
Hajta mente
Rekettyés
Tápiógyörgye-Újszilvási szikesek
Védett területek a Tápió-vidéken
